抗病毒治療都需要長期的過程。有人說2年即可停藥，也有人說是終生服藥。這兩種說法都是不準確的。一般來說，核苷類的總療程建議至少 4 年，在達到 HBV DNA 低于檢測下限、ALT 復常、HBeAg 血清學轉換后，再鞏固治療至少 3 年( 每隔 6 個月復查 1 次，至少3次) 仍保持不變者，可考慮停藥，但延長療程可減少復發(fā)。隨訪中如有病情變化，應縮短隨訪間隔。干擾素的推薦療程為1年，若經過 24 周 治療 HBsAg 定量仍 > 20 000 IU/ml，建議停止治療，改用核苷類似物治療。纖維化程度嚴重的病人，延長抗病毒治療至5-10年，肝纖維化未改善率仍高達35%左右。

研究發(fā)現，HBVDNA的水平與肝癌的發(fā)生率密切相關，病毒水平越高，肝癌發(fā)生率也越高，所以抗病毒治療是肝炎病人預防肝癌的一級預防。能夠把通過正確的治療使HNVDNA的水平低于檢測下限，也就是轉陰了，發(fā)生肝癌的幾率也就減小。目前抗病毒治療用的藥物是核苷(酸)類似物，還有就是干擾素，治療都有一定的效果，但是都很難令人滿意，主要的因素是肝臟肝細胞內存在一種病毒cccDNA，它是病毒反復復制的根源，目前缺乏很好的藥物來清除cccDNA，所以大多數的病人都需要長期抗病毒治療。

一旦發(fā)現乙肝復發(fā)，應積極再次開始抗病毒治療。如何選擇藥物治療，要看當初停藥時是否達到了停藥標準，同時建議進行病毒耐藥位點的檢測。對于初始時達到停藥標準的患者復發(fā)，一般建議繼續(xù)選用初治藥物治療;對于未達到停藥標準的復發(fā)患者，特別是有耐藥史者，再治時建議選用沒有交叉耐藥的藥物或聯合治療。