祖國醫(yī)學(xué)對此病論述頗多，如《醫(yī)門補要·醫(yī)法補要·痔瘡》中說：“濕熱下注大腸，從肛門先發(fā)小疙瘩，漸大潰膿，內(nèi)通大腸，日久難斂或愈月余又潰，每見由此成癆者，乘初起，服清熱內(nèi)消散，數(shù)貼可愈。若先咳嗽而成漏者，不治。”可見本病的發(fā)生，為肛門直腸周圍癰疽潰后久不收口，濕熱余毒未盡。蘊結(jié)不散，血行不暢所致，或因脾、肺、腎三陰虧損，或因肛裂損傷感染而成。

現(xiàn)代醫(yī)學(xué)認為，肛瘺的病因主要是細菌感染。細菌以大腸桿菌、結(jié)核桿菌、變形桿菌為主。細菌侵犯的部位是肛隱窩、肛門腺導(dǎo)管和肛門腺體。肛門腺感染、化膿，形成肛周膿腫，自然破潰。或經(jīng)手術(shù)切開排膿后，膿腫壁由結(jié)締組織和肉芽組織增生、縮窄成管狀，外口縮小，內(nèi)口繼續(xù)感染，不能自愈，即成肛瘺。膿腫破潰或切開引流后，常不能治愈。常見以下原因：

1．腸腔中的糞便、腸液和氣體繼續(xù)進入瘺管，刺激管壁，使管壁結(jié)締組織增生變厚，管腔難以閉合。

2．肛門部不能靜養(yǎng)，膿腔不易粘合：排糞、排尿時，因括約肌收縮或因炎癥刺激肛門括約肌，使肛門括約肌經(jīng)常處于痙攣狀態(tài)。

3．管道多在不同高度穿插過肛門括約肌，括約肌收縮阻礙膿液排出，以致引流不暢。除此之外，結(jié)核、克隆氏病、潰瘍性結(jié)腸炎、肛管或者腸癌和腹股溝淋巴肉芽腫等，也是形成肛瘺的病因。

4．內(nèi)口的存在：膿腫雖然破潰或已切開引流，但原發(fā)感染源，肛竇炎或肛腺感染仍可繼續(xù)存在，腸腔內(nèi)容物也可從內(nèi)口繼續(xù)進入瘺管。

5．膿腔引流不暢，或外口縮小，時閉時潰，膿液蓄積腔內(nèi)，導(dǎo)致膿腫再發(fā)，并穿破而形成新的支管或竇道。

正常情況下，肛門腺不斷分泌粘液，經(jīng)肛門腺導(dǎo)管和肛門隱窩排出到直腸中，不會發(fā)生感染。當致病菌進入肛門隱窩經(jīng)肛門腺導(dǎo)管侵入到肛門腺，如果不能自行排出就會發(fā)生感染。致病菌侵入肛門隱窩后，糞便阻塞或擦損肛門腺導(dǎo)管，可使肛門腺發(fā)生感染。首先表現(xiàn)為肛門隱窩的炎癥，即肛竇炎癥期。有肛門刺痛，便意感；局部檢查為肛隱窩的充血，乳頭紅腫。炎癥進一步發(fā)展，或使肛門腺形成化膿性炎癥。

膿腫擴散一般按聯(lián)合縱肌纖維走行發(fā)展，如向括約肌中隔、向下擴散，或到肛門緣皮下，形成肛緣紅腫；如向貫穿內(nèi)括約肌的聯(lián)合縱肌纖維走行發(fā)展，或穿入外括約肌不同的高度，入坐骨直腸窩膿腫；如炎癥向粘膜下發(fā)展，可形成粘膜下膿腫。膿腫破潰或切開后形成肛瘺，如不及時治療，反復(fù)發(fā)炎，化膿，或形成很多管道，使病變復(fù)雜，形成復(fù)雜性肛瘺。