蒙醫(yī)藥是蒙古族豐富文化遺產(chǎn)的一部分，也是祖國醫(yī)學的重要組成部分。蒙醫(yī)以“三根”學說為主要理論基礎(chǔ)（三根——赫依、希拉、巴達干），同時還包括陰陽五行、五元學說、七素及六基癥學說。蒙醫(yī)治病方法，除藥物治療以外，還有傳統(tǒng)的灸療、針刺、正骨、冷熱敷、馬奶酒療法、飲食療法、正腦術(shù)、藥浴、天然溫泉療法等。

13世紀初，成吉思汗統(tǒng)一了遼闊的大漠南北各部落，建立了蒙古帝國，蒙古社會進入了新的歷史發(fā)展階段。隨蒙古帝國的興起和強大，同國內(nèi)各兄弟民族，特別是同漢、藏族之間的往來更加密切，與印度、阿拉伯和歐洲等國家的通商及文化交流也隨之開始，蒙古族經(jīng)濟、文化得到了全面發(fā)展，蒙醫(yī)傳統(tǒng)療法及臨證用藥、理論、實踐等諸方面得到了進一步的發(fā)展與提高。

17世紀以后，蒙醫(yī)學家將藏醫(yī)、印度醫(yī)學的理論與蒙古傳統(tǒng)醫(yī)藥結(jié)合起來，編撰了大量的蒙醫(yī)藥著作，為蒙醫(yī)藥的發(fā)展奠定了理論基礎(chǔ)。18世紀，蒙醫(yī)學家伊希巴拉珠爾在《甘露匯集》中首次提出了“六種基本病癥”理論（赫依、希拉、巴達干、血液、希拉烏素、粘蟲）等蒙醫(yī)獨特的“六基癥”理論，補充和發(fā)展了《四部醫(yī)典》的內(nèi)容。

元代飲膳太醫(yī)、蒙古族營養(yǎng)學家忽思慧，用漢文編著了《飲膳正要》一書，內(nèi)容豐富，圖文并茂，記載了大量的蒙古族飲食衛(wèi)生及飲食療法、各種食物、有關(guān)驗方和營養(yǎng)學方面的內(nèi)容，此書成為我國最早的營養(yǎng)學專著，生活在草原、森林地區(qū)的蒙古人對草藥的知識掌握比較多，隨著他們與國內(nèi)兄弟民族和阿拉伯、印度以及歐洲國家之間的經(jīng)濟、文化交流的不斷發(fā)展，不僅推動了社會的進步，同時也推動了中外醫(yī)藥學知識方面的聯(lián)系和交流，內(nèi)地和國外的藥物也不斷傳入到蒙古地區(qū)，特別是西域人（泛指新疆和阿拉伯地區(qū)）的藥物大量進入蒙古地區(qū)，1292年元統(tǒng)治者在今內(nèi)蒙古錫林郭勒盟正蘭旗所建的避署行宮設(shè)立了“回回藥物院”。1576年后，藏醫(yī)經(jīng)典著作隨西藏黃教傳到蒙古地區(qū)。古印度大藏經(jīng)《甘珠爾》、《丹珠爾》于17世紀被譯成蒙文，其中包括古代印度“阿輸吠陀”（Ayur.Veda）醫(yī)學巨著。這些醫(yī)著在蒙醫(yī)的發(fā)展史上發(fā)揮了重要作用。

據(jù)史料記載：從13世紀到17世紀初，廣大蒙古地區(qū)出現(xiàn)了不少民間醫(yī)療方法及方藥，如酸馬奶療法，瑟必素療法（蒙古語，即用牛羊等動物胃內(nèi)反芻物做熱敷的一種熱置療法），礦泉療法，灸療法，拔火罐療法，正骨療法，飲食療法以及民間用藥方法是是這個時期的產(chǎn)物。蒙古族飲食療法也屬于蒙醫(yī)的傳統(tǒng)療法之一。

蒙古族人民中流傳著這樣一句民間諺語：“病之始，始于食不消；藥之源，源于百煎水。”諸如奶食、肉食、骨湯之類，只要食用適當，都可以起到滋補、強身、防病、治病的作用。這是古代蒙古人從長期的生活實踐中總結(jié)出來的飲食療法的前身，在《蒙古秘史》中也有這方面的記載。

在藥物學方面，蒙醫(yī)藥家們創(chuàng)造了適合于本地區(qū)實際情況的獨特的配制法和用藥法等。同時還吸收了西藏。印度等地區(qū)和兄弟民族的藥物學理論知識，使自己的藥物學理論不斷完善和發(fā)展。在17～18世紀涌現(xiàn)出很多著名的藥物學家、方劑學家和蒙藥著作。如伊希巴拉珠爾撰寫的《認藥白晶藥鑒》一書就是內(nèi)容比較豐富的蒙藥學著作；18世紀藥物學家羅布桑蘇勒和木撰寫了《認藥學》四部書，即《珠寶、土、石類認藥學》《木、湯、滋補類認藥學》《草類認藥學》《鹽、灰、動物類認藥學》，主要闡述了藥物的形態(tài)，為認藥、采藥和研究藥物提供了依據(jù)。

蒙醫(yī)治療強調(diào)“治未病”、“求本”、“扶正祛邪”、“調(diào)理三根”和“因人、因時、因地制宜”等治療原則。

蒙醫(yī)認為：疾病是在各種致病因素的影響下，三根出現(xiàn)偏盛偏衰、失去相對平衡的情況下產(chǎn)生的，只有保持三根互相協(xié)調(diào)，才能維持人體正常的生理功能